Bereits als Schüler führte Gunther Rost das gesamte Bachsche Orgelwerk auf. Er gewann über ein Dutzend internationaler Auszeichnungen, darunter der Leipziger Bachpreis oder Preise des ION Wettbewerbs Nürnberg und des Dallas International Organ Competition. Er war Stipendiat der Studienstiftung des Deutschen Volkes und Träger des Bayerischen Kulturförderpreises.

Früh wurde er an die Universität für Musik und darstellende Kunst Graz berufen, wo er auch die Leitung des Instituts für Kirchenmusik und Orgel inne hat. 

An der Kunstuniversität Graz gründete Rost das Zentrum für Orgelforschung, das sich u. a. mit der Weiterentwicklung des Instruments und der kritischen Beleuchtung historischer Spielanweisungen beschäftigt. 

Der Künstler arbeitete mit Motette, OehmsClassics, der Deutschen Grammophon und arte. 

Gunther Rosts Diskografie umfasst außerdem Werke von Bach, Vivaldi, Chopin, Dupré und Alain.